Singes ecureuil, encore !

Hello les gens,

Bon, histoire que vous compreniez un peu mieux une partie de mon travail, je vais vous montrer les images IRM des singes et expliquer ce que nous souhaitons faire.

D'ordinaire, lorsque l'on acquiere une IRM chez un sujet, l'image est dans l'axe de l'aimant et il aise de definir haut, bas, gauche droite, avant et arriere du patient. Voici un exemple d'IRM de singe avec l'orientation a peu pres correcte (pas toujours facile de les avoir exactement dans l'axe) :

A partir de ca, on peut visualiser le cerveau en  3D de facon assez simple. On remarque d'ailleurs que le cerveau des singes ecureuils a beaucoup de moins de circonvolutions que le notre (on ne les voit d'ailleurs presque pas sur les images ci-dessous) :

Sur ces images, en blanc, c'est le cerveau, en jaune, le debut de la moelle epiniere et en bleu cyan, les yeux. On remarquera aussi que les yeux sont biens plus grands que les notres par rapport au cerveau.

Le probleme auquel nous sommes confrontes est que nous voulons acquerir des donnees sur une partie bien precise du cortex situe sur la face arriere et superieure du cerveau et donc "en biais" par rapport a l'aimant et les directions ne veulent plus rien dire. Nous avons de superbes images avec une resolution de fou puisque nous avons des pixels de 68 microns de cote. Le hic, c'est que cela est couteux en temps et nous avons donc des "tranches de cervelle" de 0.5 mm (soit quasi 10 fois plus). Voici un exmple des images que nous obtenons :

Pour les situer dans l'espace, voici une vue 3D de leur localisation dans le cerveau :

Le but est d'aligner les donnees de deux sessions d'acquisition differentes afin de pouvoir les comparer et etre capable de detecter les changements dans le cerveau du singe.

C'est pas ecnore gagne mais on avance bien !