Floride, me voici

J'ai reçu ce matin la confirmation que j'attendais : mon article pour la conférence SPIE medical imaging 2011 a été accepté ! Je serais donc a Orlando en Floride au Disney's Coronado Springs Resort du 11 au 18 février 2011, aux frais de la princesse ! Chouette des vacances gratuites journees sympa en vue... Ce fera du bien de s'en aller une semaine dans la douce chaleur de la Floride en février, le coeur de l'hiver tennessien (qui ne dure pas longtemps). Une semaine chez Mickey, chouette !

Vue générale de l'hôtel depuis le lac

Piscine principale de l'hotel                                            Hall de l'hotel

Etrange fruit

Depuis quelques jours déjà, un arbre et surtout ses fruits ont attiré mon attention sur le campus. En effet, de nombreux fruits jaunes à la peau très étrange jonchent le sol près du Jacob Hall (mon bâtiment) et comme je ne connais pas ces fruits, ca m'intrigue ! La plupart des arbres du campus sont identifies par une plaque et il existe même un tour de l'arboretum mais rien concernant celui-ci. Si quelqu'un a une idée, je suis preneur car toujours curieux.

Le fameux arbre et ses fruits au sol

L'étrange fruit de l'arbre en question

Singes ecureuil, encore !

Hello les gens,

Bon, histoire que vous compreniez un peu mieux une partie de mon travail, je vais vous montrer les images IRM des singes et expliquer ce que nous souhaitons faire.

D'ordinaire, lorsque l'on acquiere une IRM chez un sujet, l'image est dans l'axe de l'aimant et il aise de definir haut, bas, gauche droite, avant et arriere du patient. Voici un exemple d'IRM de singe avec l'orientation a peu pres correcte (pas toujours facile de les avoir exactement dans l'axe) :

A partir de ca, on peut visualiser le cerveau en  3D de facon assez simple. On remarque d'ailleurs que le cerveau des singes ecureuils a beaucoup de moins de circonvolutions que le notre (on ne les voit d'ailleurs presque pas sur les images ci-dessous) :

Sur ces images, en blanc, c'est le cerveau, en jaune, le debut de la moelle epiniere et en bleu cyan, les yeux. On remarquera aussi que les yeux sont biens plus grands que les notres par rapport au cerveau.

Le probleme auquel nous sommes confrontes est que nous voulons acquerir des donnees sur une partie bien precise du cortex situe sur la face arriere et superieure du cerveau et donc "en biais" par rapport a l'aimant et les directions ne veulent plus rien dire. Nous avons de superbes images avec une resolution de fou puisque nous avons des pixels de 68 microns de cote. Le hic, c'est que cela est couteux en temps et nous avons donc des "tranches de cervelle" de 0.5 mm (soit quasi 10 fois plus). Voici un exmple des images que nous obtenons :

Pour les situer dans l'espace, voici une vue 3D de leur localisation dans le cerveau :

Le but est d'aligner les donnees de deux sessions d'acquisition differentes afin de pouvoir les comparer et etre capable de detecter les changements dans le cerveau du singe.

C'est pas ecnore gagne mais on avance bien !

A pu bouteilles !

Le mystère des bouteilles dans les arbres restera hélas entier. Ce matin, j'ai constaté qu'elles avaient disparues avec autant d'explications que leur venue, c'est-à-dire aucune ! Ceci dit, l'esplanade est plus jolie sans, comme vous pouvez le constater vous-même sur cette photo :

Dommage, cette photo ne peut pas vous retranscrire la chaleur qui règne ici même à 8h30 du matin. Comme tous les matins à 7h15, mon lapin internaute va glaner les infos météo pour me les retranscrire pendant mon petit-déjeuner. Aujourd'hui, j'ai bien failli m'étouffer en entendant Usagi me dire : "Aujourd'hui : Soleil, 37 degrés"… Certes, ce sera la température maximale du milieu d'après-midi mais tout de même, ça fait drôle ! ! !

Je voulais aussi vous présenter les nombreux amis qui peuplent les pelouses et arbres de Vanderbilt : nos copains les écureuils ! Ils sont nombreux, pas bien farouches et plutôt marrants dans l'ensemble ,surtout lorsqu'ils viennent quémander à manger avec leur yeux tout tristes, ce sont les dignes successeurs du Chat Potté de Shrek !

Vanderbilt... quelques détails

Je vais vous présenter un peu plus mon nouvel environnement de travail.

L'université Vanderbilt est donc une université privé située, comme vous le savez désormais, à Nashville. Fondée en 1873, l'université doit son nom au "Commandeur" Cornelius Vanderbilt, un magnat du rail et de la marine marchande qui fit un don de 1 million de dollars bien que n'étant pas natif de ce coin des USA et n'y ayant jamais mis les pieds. Le commandeur espérait que son don et que le travail de l'Université soignerait les plaies encore ouvertes de la guerre civile qui fut, rappelons-le, perdue par les Sudistes parmi lesquels se trouvaient bien évidemment le Tennessee.

Daguerréotype de Cornelius Vanderbilt

Aujourd'hui, l'université compte quatre facultés et six écoles doctorales pour environ 12.000 étudiants des 50 états et de plus de 90 paus étrangers. Dans son classement 2010 des universités américaines, US News & World Report a placé Vanderbilt au 17ème rang et les écoles de droit, infirmière et médecine font parties du Top 15 des USA. Le classement mondial de Vanderbilt est 41 (la meilleure université française étant Paris VI à la 40ème place). Vanderbilt est aussi dans le Top 10 des subventions fédérales de recherche avec 444,3 millions de dolalrs reçus en 2008. Au coeur de l'Université se trouve le Vanderbilt Medical Center, seul établissement de santé de niveau I (le plus haut niveau) du Tennessee.

Le Wyatt Center, au coeur du campus

Si l'on excepte les observatoires extérieurs et les cliniques médicales satellites, tous les batiments de Vanderbilt sont situés sur le campus au coeur de Nashville. Bien que situé en pleine jungle urbaine, c'est un campus très vert et même classé en tant que jardin botanique national avec plus de 300 différentes espèces d'arbres et arbustes. Pour vous donner une idée de la taille du campus, j'ai superposé le campus (en bleu) sur les cartes de Ouistreham, Caen, Rennes et Paris.

Vanderbilt à Ouistreham : de la gare maritime aux tennis couverts et du casino à la mairie.

Vanderbilt à Caen : du chateau à l'hippodrome et du rectorat à la poste du quai de Vandeuvre.

Vanderbilt à Rennes : du TNB au bout du mail Mitterrand et de la gare à St Anne

Vanderbilt à Paris : des Invalides à l'Elysée et du pont de l'Alma à la Concorde

Parmi les anciens élèves, nous pouvons compter deux Vice-Président des Etats Unis, 25 récipiendaires de la bourse Rhodes (pour aller étudier à Oxford), 7 Prix Nobel, de nombreux recipiendaires du Prix Pullitzer et même des personnes ayant reçu un Oscar. Et nous sommes bien sur protégés par ce que je trouve être bien ridicule : la police du campus. Ce sont de vrais flics mais juste pour le campus...

Euh... moi y'en a pas comprendre !

Depuis lundi, j'observe un drole de manege sur le campus sans trop comprendre ce qui se passe. Vu que personne rale, ca doit etre autorise et tout ce qu'il faut mais ce que j'aimerai bien, c'est comprendre ce qu'ils font. Voici ce que j'ai pu voir lundi matin :

Quelques bouteilles plastiques sur un des arbres de l'esplanade de l'International Students and Scholars Services. C'etait bizarre mais bon, pourquoi pas. Et pendant la semaine, j'ai remarque que les nombre de bouteilles dans cet arbre devenait de plus en plus important. Et ce matin, la contagion avait fait son oeuvre et plusieurs arbres de l'esplanade sont contamines avec ces bouteilles.

Je continuerai a surveiller de pres cet etrange phenomene...

Je pense que ces bouteilles sont celles retrouvees sur une partie du campus durant la semaine, surement une maniere de faire prendre conscience aux masses etudiants du gachis de plastique. Mais ce n'est la qu'une hypothese liee au Earth Day (c'est aujourd'hui d'ailleurs, bonne fete la Terre !).

Je n'ai pas eu le reflexe photo ce matin mais un autre mystere est apparu en ville :  des dizaines de toilettes mobiles sont alignees dans le parc du centenaire. Mais il y en a tellement que ca parait etrange par rapport a la taille du parc. Deux solutions : soit un congres de diarrheiques est prevu dans le parc, soit c'est une sorte d'oeuvre d'art etrange...

Les singes et moi !

Bon, il est temps de présenter un peu plus ce qu'on fait avec les singes !

Tout d'abord, je tiens à préciser que c'est une expérimentation purement vétérinaire. On pourra surement en déduire pas mal de choses pour les humains mais ce n'est pas son but. Les singes que nous avons ont tous des lésions cérébrales (sauf les sujets contrôle, évidemment). Mais ces lésions sont naturelles et en aucun cas provoquées par le labo. Nous passons ces chères petites bêtes dans l'IRM plusieurs fois au cours de leur séjour et nous regardons l'évolution de la lésion et, grâce à l'IRM fonctionnelle, nous espérons pouvoir quantifier et expliquer la plasticité cérébrale.

Kézako ? C'est la capacité qu'a notre cerveau de "replacer" des fonctions qui ont été lésées. Ainsi, on va utiliser des branchements annexes, d'autres corps neuronaux, bref jouer de tout un arsenal complexe afin de préserver les diverses fonctions du cerveau. C'est ainsi que quelqu'un ayant perdu la parole peut la retrouver, etc. 

Mon travail est de "replacer" l'image IRM du cerveau acquise à une certaine date sur les IRM précédentes afin de pouvoir comparer les zones éloquentes. La comparaison et le replacement (on dit recalage dans le jargon) est bien entendu fait de façon totomatik par un ordinateur en se basant sur des théories mathématiques qui donnent mal au crane et que j'ai élaborées.

Quelques photos pour vous montrer notre "attirail".

Notre IRM 9.4 Teslas (les machines performantes pour humain font seulement 3 Teslas)

La station de contrôle de l'IRM

Le filtre a chaux (permet d'absorber le CO2 des singes intubés)

La seringue automatique de Dextrose (pour donner du sucre au singe)

Monitoring cardiaque et respiratoire (pour surveiller que le singe aille bien).

Les singes sont bien entendu sous anesthésie gazeuse par Isoflurane pendant toute la durée des examens pour éviter les mouvements qui rendent floues les IRMs. Pendant l'IRM, ils ont une fréquence cardiaque entre 200 et 300 battements par minute (ça dépend des individus) et une fréquence respiratoire de l'ordre de 40. Ils restent entre 3 et 6 heures dans la machine mais gagne une semaine de repos par tranche de 3 heures dans la machine.

Les singes sont adorables et mon copain Woodchuck (le premier singe écureuil que j'ai rencontré) est super malin, il reconnait les gens et viens toujours me faire des câlins dès que je vais les voir dans leurs immenses cages où les humains peuvent entrer debout. C'est comme au zoo mais avec des soins encore plus poussés. Le seul hic est que vu la taille de sa lésion inopérable, Woodchuck ne vivra pas bien vieux, surement encore trois au quatre mois mais on essaie vraiment tout ce qui est possible pour la diminuer, notamment des traitements expérimentaux (c'est un peu le but de l'étude). C'est un peu triste mais bon, quand on travaille avec des animaux malades, il faut s'atteindre à cette douloureuse échéance.

Le printemps à Vanderbilt

Depuis quelques semaines, le printemps est arrivé, ce n'est pas une grosse surprise me dirait vous, c'est partout pareil. Oui, mais le printemps au Tennessee est plutôt chaud puisque les températures grimpent déjà au-dessus de 30°C et l'air est plutôt bien humide.

Mais le plus sympa c'est tout de même le campus super fleuri et boisé où même la plus minérale des esplanades se pare de jolis couleurs avec ces jolies fleurs qui envahissent l'espace. Tout de suite quelques photos :

Week end tranquille

Samedi matin, grande surprise, il faisait encore un grand beau temps à Nashville. Et cela a duré tout le week-end ! ! !

Du coup, j'en ai profité pour ne rien faire ! Enfin si, un peu de ménage et les courses mais surtout : bouquiner au parc et apprécier les 20°C !

Et voilà quelques explications sur ce que je vais faire dans mon boulot ! J'avais déjà mentionné les implants cochléaires, je vais vous les détailler un peu...

L'implant cochléaire est un appareil qui vise à restaurer un certain niveau d'audition pour certaines personnes sourdes (surdités dites "endocochléaires profondes") et pour des personnes souffrant d'acouphènes, en stimulant directement les terminaisons nerveuses de l'audition situées dans la cochlée (partie terminale de l'oreille interne) au moyen d'électrodes implantées chirurgicalement.

Les sons reçus par un appareil installé derrière l'oreille externe sont traités par un microprocesseur embarqué. Le signal électrique est envoyé par un fil qui transmet le signal aux électrodes implantées dans la cochlée.

Les résultats sont très souvent excellents : de très nombreux adultes devenus sourds ou enfants implantés très précocement sont par exemple capables d'utiliser le téléphone. Les publications récentes indiquent qu'un tiers des enfants implantés obtient d'excellents résultats avec une compréhension équivalente à celle d'enfants normo-entendants, qu'un autre tiers acquiert une compréhension de la parole correcte, et que le dernier tiers rencontre des difficultés (très souvent liées avec une implantation tardive ou la présence d'autres troubles que la surdité).

Voilà un petit schéma pour bien poser les choses :

Mon travail dans tout ça ? Utiliser les scanners pré-opératoires et intra-opératoires pour calculer une trajectoire sûre et passant loin des nerfs (pour éviter les paralysies faciales). Bref, du planning chirurgical. Et cela sur les enfants puisque ce planning automatique fonctionne déjà sur les adultes. De plus, on voudrait ajouter des infos dans les binoculaires du chirurgien, à la manière d'un GPS pour l'aider dans ce "merdier" qu'est l'oreille !

Sur ce, je vous souhaite une bonne nuit, je vais bouquiner dans mon lit !

PS  : Merci à tous ceux qui ont laissé des commentaires. Et n'oubliez pas de les signer, sinon, ce n'est pas pratique pour répondre !

Premiere session de travail avec les singes !

Et oui, aujourd'hui, j'avais de nouvau rendez-vous pour une session d'acqusition de donnees simiesques. ! J'arrive a huit heures pile, je telephone pour qu'on m'ouvre car ma carte n'est pas encore activee pour me laisser entrer au Vanderbilt University Institute of Imaging Science mais cela ne saurait tarder, en fait, des que j'aurai les signatures necessaires sur le formulaire idoine (vive la paperasse !). Cette fois-ci, contrairement a mardi, tout le monde est la.

J'entre donc au "Center for Small Animal Imaging" et je fais connaissance avec le singe dont nous allons nous occuper aujourd'hui. Mes collegues dans ce projet sont Limin Chen, Feng Wang, Chaohui Tang et Fuxue Xin. Comme vous pouvez le deviner, ils sont tous chinois ; autant dire que la communication n'est pas toujours evidente car les accents ne facilitent pas la comprehension. Ce qui fqit aue je n'ai toujours pas compris le nom qu'ils ont donne au petit singe de ce matin. Le singe en question est un saimiri ou singe-ecureuil. Je vous mets une photo de cette petite beaute et quelques caracteristiques.

    

    

Robe courte, épaisse, douce et brillamment colorée. Dessus gris olivacé plus ou moins brillant. Dessous jaune pâle à blanchâtre. Avant-bras, pieds et mains dorés à jaune orangé brillant. Gorge et menton blanchâtres. La queue légèrement touffue est olivacée avec une extrémité noire dessus et plus pâle dessous. Elle n’est préhensile que chez le jeune enfant. Le museau noir presque nu contraste avec la face rose elle-même cerclée de « lunettes » blanches. Couronne agouti, le noir n’y étant jamais prédominant. Grands yeux rapprochés et oreilles « humaines » cachées par des touffes blanches. Les femelles ont souvent une tête et des joues plus sombres que les mâles. Les canines du mâle (3,5mm) sont plus développées que celles de la femelle (2,7mm).

Le mâle mesure de 25 à 37 cm sans la queue qui fait de 37 à 46 cm et pèse de 0,7 à 1,1 kg. La femelle mesure de 23 à 30 cm avec une queue de 37 à 44 cm et pèse de 0,5 à 0,75 kg. Le cerveau pèse en moyenne 24,4 g.

Et ce qu'on a fait a ce petit bonhomme ? Pas grand chose, on l'a anesthesie et intube et mis dans un IRM 9.4 Tesla pour observer son cerveau. Cela a dure pres de 6 heures mais comme il roupillait, suivi par Chaohui (l'assistante veto), cela n'a pas pu lui semble diferent d'un petit somme.

Du coup, des lundi, j'attaque le traitement des donnees. Youhou ! ! !